AMI-keskuksen palvelut - IT-järjestelmä

AMIn verkko lyhyesti

AMI-keskuksella on oma sisäverkko, joka suojattu sekä Aalto-yliopiston, että AMI-keskuksen omalla palomuurilla. Suojauksen syynä on kuvantamisdatan luonne ja määrä. Kaikki AMI-keskuksen käyttäjät, joiden täytyy siirtää kuvantamisdataa, analysoida dataa paikallisesti AMI:ssa, istuvat pysyvästi Magneetitalossa tai heillä on muutoin käyttöoikeus verkkoon tarvitsevat käyttäjätunnuksen AMI:n verkkoon. Jos tarvitse käyttäjätunnuksen AMI:n verkkkon, ota yhteys AMI-keskuksen henkilökuntaan.

Magneettitalossa sijaitsevat työasemat ovat AMIn sisäverkossa ja siten suorassa yhteydessä amiserver:lle. AMI-keskus ei tarjoa työasemaa vierailijoille tai muille käyttäjille, mutta tarjoaa IT-tukea työkoneen asentamisessa AMI:n verkkoon. AMI-keskus ei myöskään vastaan työasemien varmuuskopioista.

Kuvantamisdatan siirto ja tallenusaika

Mittauksien jälkeen kuvantamisdata siirtyy automaattisesti AMIserverin /opt/dicom_images/sorted/<Referring_Physician> - kansioon. Jos "Referring physician" kenttä jää tyhjäksi, data siirtyy "Unknown_referring_physician" - kansioon. Tämän jälkeen on neljä eri tapaa kuinka data voidaan siirtää AMIserveriltä:

1. Voit käyttää SCP:tä siirtääksesi kuvantamisdatan haluttuun määränpäähän. Palomuurien takia ota ensiksi yhteys AMI-keskuksen henkilökuntaan jos haluat käyttää SCP:tä datan siirtoon. Siirtoon tarvitset käyttäjätunnuksen AMI:n verkkoon.
2. Jos istut pysyvästi Magneettitalossa ja sinulla on Linux työasema, voimme konfiguroida AMIserverin siirtämään kuvantamisdatan automaattisesti työasemallesi.
3. Voit tallentaa datan suoraan CD/DVD-levylle konsolikoneelta.
4. Voit siirtää datan ulkoiselle asemalle AMI-keskuksen työseman avulla. Sinulla täytyy olla käyttäjätunnus AMI:n sisäverkkoon.

Kaikissa yllä olevissa tapauksissa AMI-keskus takaa, että kuvantamisdata pysyy AMIserverillä vain kaksi viikkoa! Tämän jälkeen data voidaan poistaa ilman erillistä ilmoitusta. Muista siis siirtää data serveriltä talteen mahdollisimman pian mittauksen jälkeen. Datan siirron jälkeen varmistan, että se siirtyi kokonaan haluttuun kohteeseen.

Ärsyke- ja muut tietokoneet

Huomioi, että ärsyketietokoneille ei tehdä aktiivista varmuuskopiointia. Muista siis ottaa omat varmuuskopiot ärsykkeistäsi ja skripteistä. Jos mittaat useampaa modiliteettia fMRI:n ohella, muista siirtää datat mahdollisimman pian itsellesi, sillä näitäkään koneita ei varmuuskopioida aktiivisesti. Koneita käyttävät myös muut käyttäjät, joten on mahdollista, että joku poistaa vahingossa sinun tiedostojasi.

Tuetut ohjelmistot

AMI-keskus tarjoaa joitakin ohjelmistoja datan analysointia varten (fMRI) niille tutkijoille, jotka istuvat pysyvästi AMI-keskuksessa. 

• MATLAB (under Aalto University campus license)
• FreeSurfer
• SPM (several versions; 2, 5, and 8)
• FSL
• BrainVoyager
• BrainProducts' Analyzer

Ärsykkeiden esittämistä varten AMI-keskus tarjoaa seuraavat ohjelmistot:

• Presentation (newest, and one or two previous releases)
• E-Prime
• PsychoPy
• Psychtoolbox
• Matlab