Yksittäisten molekyylien dynamiikka soluissa

Yksittäisten molekyylien dynamiikka soluissa -tutkimusryhmä käyttää tieteidenvälistä lähestymistapaa ratkaistakseen perustavanlaatuisia kysymyksiä siitä, kuinka elolliset systeemit sopeutuvat äärimmäisiin ympäristöihin. Ryhmä soveltaa laajaa valikoimaa tekniikoita biofysiikasta molekyylibiologiaan, genetiikkaan ja laskennalliseen tieteeseen.

Käytämme superresoluutiomikroskopiaa ja yksittäisten molekyylien paikannusta seurataksemme yksittäisten molekyylien liikettä elävässä solussa. Yksittäisten molekyylien dynamiikka paljastaa molekyylien vuorovaikutuksen reaaliajassa ja kertoo solunsisäisestä miljööstä. Tutkimus auttaa kehittämään luotettavia synteettisen biologian sovelluksia ja uusia testausmenetelmiä.

Mikäli tämä puhuttelee sinua, lähetä meille sähköpostitse CV:si ja kerro tutkimuskiinnostuksistasi.

Tutkimuksen kohokohdat

• J. Mäkelä*, A. Papagiannakis*, W.H. Lin, M.C. Lanz, S. Glenn, M. Swaffer, G.K. Marinov, J.M. Skotheim, C. Jacobs-Wagner (2024) Genome concentration limits cell growth and modulates proteome composition in Escherichia coli. eLife, doi:10.7554/eLife.97465.1
• R. Jagadeesan, S. Dash, C.S.D. Palma, I.S.C. Baptista, V. Chauhan, J. Mäkelä, A.S. Ribeiro (2023) Dynamics of bacterial operons during genome-wide stresses. bioRxiv, doi:10.1101/2023.08.24.554578
• ​​​​J.P. Prince, J.R. Bolla, G.L.M. Fisher, J. Mäkelä, C.V. Robinson, L.K.  Arciszewska, D.J. Sherratt (2021) Acyl Carrier Protein binding to the Escherichia coli MukB coiled coil activates MukB ATPase and is required for in vivo MukBEF function. Nature Communications 12, 6721
• G.L.M. Fisher, J.R. Bolla, K.V. Rajasekar, J. Mäkelä, R. Baker, M. Zhou, J. Prince, M. Stracy, C.V. Robinson, L.K. Arciszewska, D.J. Sherratt (2021) Competitive binding of MatP and topoisomerase IV to the MukB dimerization hinge. eLife, 10:e70444
• J. Mäkelä*, S. Uphoff, D.J. Sherratt* (2021) Non-random segregation of sister chromosomes by Escherichia coli MukBEF. PNAS, 118(33): e2022078118
• J. Mäkelä and D.J. Sherratt (2020) SMC complexes organize the bacterial chromosome by lengthwise compaction. Current Genetics, 66:895–899
• J. Mäkelä and D.J. Sherratt (2020) Organization of the Escherichia coli chromosome by a MukBEF axial core. Molecular Cell, 78(2):250-260
• K.V. Rajasekar, R. Baker, G.L.M. Fisher, J.R. Bolla, J. Mäkelä, M. Tang, K. Zawadzka, O. Koczy, F. Wagner, C.V. Robinson, L.K. Arciszewska, D.J. Sherratt (2019) Dynamic architecture of the Escherichia coli structural maintenance of chromosomes (SMC) complex, MukBEF. Nucleic Acids Research, 47(18):9696-9707
• A. Hofmann*, J. Mäkelä*, D.J. Sherratt, D. Heermann, S.M. Murray (2019) Self-organised segregation of bacterial chromosomal origins. eLife, 8:e46564          
• N. Banaz*, J. Mäkelä*, S. Uphoff (2019) Choosing the right label for single-molecule tracking in live bacteria: Side-by-side comparison of photoactivatable fluorescent protein and Halo tag dyes. Journal of Physics D: Applied Physics, 52:064002