Aaltoon saapui täydessä vauhdissa kokonainen ryhmä tutkimaan ääriolosuhteissa viihtyviä bakteereja

Jarno Mäkelä aloitti biofysiikan apulaisprofessorina Aallon neurotieteen ja lääketieteellisen teknologian laitoksella syyskuun alussa. Samalla ovenavauksella Aaltoon siirtyivät hänen kanssaan tutkija Taras Redchuk, tutkijatohtorit Dan Noel ja Eveliny Nery, väitöskirjatutkijat Ada Pajari ja Aakeel Wagay, tutkimusassistentti Chris Hayes, sekä liuta laitteistoja, Suomen Akatemian myöntämä akatemiatutkijan rahoitus sekä Euroopan tutkimusneuvoston myöntämä ERC starting grant. 

”Aloitamme täydellä vauhdilla. Tämä on ryhmälle kuitenkin helpohko muutto, koska Viikin kampukselta on Otaniemen kampukselle vain 20 kilometriä. Ei tarvitse muuttaa toiseen kaupunkiin tai maahan”, Mäkelä sanoo. 

Mäkelän ryhmä tutkii pääasiassa lämpötilan vaikutusta solujen sisäiseen maailmaan käyttämällä uusia menetelmiä, kuten superresoluutiofluoresenssimikroskopiaa. Perustutkimuksen avulla pyritään rakentamaan nykyistä laajempia menetelmiä tutkia yksittäisen molekyylin liikettä. Mahdollisia sovelluksia on jo kuitenkin näköpiirissä. 

”Ilmastonmuutokseen liittyen puhutaan paljon keskilämpötilasta, mutta äärilämpötiloja tapahtuu paljon aiempaa enemmän. On tärkeää ymmärtää, miten mikrobit tuolloin käyttäytyvät. Lisäksi näitä termofiilisiä, lämpimässä viihtyviä bakteereja voidaan hyödyntää esimerkiksi biotekniikan prosesseissa.” 

Termofiilien lisäksi Mäkelän ryhmä tutkii myös mesofiilisiä organismeja, jotka viihtyvät parhaiten 20–40 asteen lämpötilassa, ja psykrofiilejä, jotka viihtyvät parhaiten matalissa lämpötiloissa, esimerkiksi antarktisella alueella. 

Väitöskirjatutkija Aakeel Wagay saapui Suomeen Intiasta Kashmirin alueelta heinäkuussa 2023. ”Tutkin, kuinka prokaryootit, kuten mesofiilit ja psykrofiilit sopeutuvat erilaisiin lämpötiloihin. Jokainen niistä pyrkii huolehtimaan solun sisäisestä tasapainosta, homeostaasista, selviytyäkseen.” 

Tutkijatohtori Dan Noel saapui Suomeen Isosta-Britanniasta niin ikään reilu vuosi sitten. ”Teen ekstremofiilien geenimuuntelua. Yritän myös luoda proteiinitagin, joka kestää korkeita, jopa 80 asteen lämpötiloja.”

Tutkijatohtori Eveliny Nery saapui Suomeen Brasiliasta maaliskuussa – keskelle takatalvea. Hän on sittemmin nauttinut lämpimästä kesästä ja mahdollisuudesta tehdä tutkimusta uudella tapaa. ”Olen aina tutkinut ekstremofiilejä. Tämä tutkimus on tosi mielenkiintoista, koska pääsen käyttämään aivan uudenlaista menetelmiä. Tehtäväni on saada bakteerit tuottamaan erilaisia fluoresoivia proteiinifuusioita, jotta voimme seurata niitä reaaliaikaisesti mikroskoopin avulla.” 

Tutkijatohtori Taras Redchuk on kotoisin Ukrainasta, mutta hän on ollut Suomessa jo 10 vuotta, ensin kahdessa muussa tutkimusryhmässä Helsingin yliopistolla. ”Vastuullani on laskennallisten analyysien tekeminen ja algoritmien kehittäminen. Autan myös muita analysoimaan mikroskoopista saatavia kuvia.” 

Tutkimusassistentti Chris Hayes on kotoisin Dundeesta, Skotlannista, ja hän tuli Suomeen reilu kaksi vuotta sitten, ensin suorittamaan maisteriopintoja ja sitten tekemään opinnäytetyötä Mäkelän ryhmässä. ”Autan ryhmän tutkijoita esimerkiksi tekemällä pienempiä kokeita. On hienoa päästä näkemään mikroskoopin avulla, mitä proteiineissa oikeasti tapahtuu.” 

Suomessa etelärannikon yliopistoja kolunnut väitöskirjatutkija Ada Pajari tutkii, miten ne proteiinit, jotka osallistuvat kolibakteerin (Escherichia coli) luontaiseen puolustukseen lämpötilastressiä vastaan, vaikuttavat myös bakteerin sopeutumisessa eri lämpötiloihin. ”Ryhmän yksi parhaita puolia on se, että meillä on monta eri näkökulmaa ja kulttuuria. Voimme oppia paljon toisiltamme.”