Vice rektor för forskning, Jyri Hämäläinen, ansvarar för forskarutbildningen i Aalto-universitetets organisationsstruktur. Doktorandutbildningstjänsterna tillhandahålls av Aalto-universitetets forskningstjänster, som leds av Ella Bingham. Manager Minna Söderqvist ansvarar för Doktorandutbildningstjänster. Teamets medlemmar arbetar vid olika högskolor eller på universitetsnivå.
Varje högskola har sitt eget doktorandprogram och sin eget forskarutbildningsrådet. Direktör för doktorandprogrammet fungerar som ordförande för forskarutbildningsrådet.
Doktorandprogramansvariga diskuterar gemensamma forskarutbildningsfrågor i arbetsgruppen för forskarutbildning (DEWG) tillsammans med planerare för programmen och med doktorandrepresentanter. DEWG leds av vice rektor för forskning.