Tutkimuksen vararehtori Jyri Hämäläinen vastaa tohtorinkoulutuksesta Aalto-yliopiston organisaatio rakenteessa. Ella Binghamin johtama Tutkimuspalvelut vastaa Tohtorinkoulutuspalveluista. Tohtorinkoulutuspalveluiden tiiminvetäjänä toimii päällikkö Minna Söderqvist. Tiimin jäsenet toimivat eri kouluissa ja yliopistotasolla.
Joka koulussa on oma tohtoriohjelma ja tohtorinkoulutusneuvosto (TKN). Tohtoriohjelman johtaja toimii tohtorinkoulutusneuvoston puheenjohtajana.
Tohtoriohjelmien johtajat keskustelevat yhteisistä tohtorinkoulutukseen liittyvistä asioista tohtorinkoulutuksen työryhmässä (DEWG) yhdessä ohjelmien suunnittelijoiden ja opiskelijajäsenten kanssa. DEGWiä vetää koulutuksen vararehtori.